Fe'i ganed yn Como, yr Eidal ym 1702 o enedigaeth fonheddig. Yn Sbaen, lle mae'n cyrraedd yn ffoi o ryfel Awstria, mae'n derbyn pwerau eang i gasglu pensiwn disgynyddion Moctezuma yn Cajas Brenhinol Mecsico.
Teithiodd i Sbaen Newydd ym 1736. Yn ystod wyth mlynedd ei arhosiad cysegrodd i ymchwilio i apparitions Virgin of Guadalupe, gan gasglu cryn dipyn o ddeunydd graffig a pictograffig. Mae'n hyrwyddo coroni delwedd Guadalupana, sy'n achosi diffyg ymddiriedaeth yn yr awdurdodau is-ranbarthol. Mae'n cael ei gymryd yn garcharor ac mae ei gasgliad yn cael ei dynnu. Fisoedd yn ddiweddarach, ar ôl cael ei alltudio i Sbaen, mae'n cychwyn ar long sy'n syrthio i ddwylo'r môr-ladron sy'n cefnu arno yn Gibraltar.
Gyda gweithiau gwych fe gyrhaeddodd Sbaen a chysylltodd â'r casglwr Mariano Fernández de Echeverríay Veytia a gyflawnodd ei ryddfarn yn cael ei benodi'n Groniclwr Brenhinol yr India, swydd y gwrthododd Boturini ei chysegru ei hun i ysgrifennu ar hanes pobloedd frodorol. Er na wnaeth erioed adfer ei gasgliad, ysgrifennodd Catalog Amgueddfa India arno. Mae ei waith yn wreiddiol iawn ac wedi'i gofnodi'n dda. Bu farw ym Madrid ar ddyddiad ansicr, rhwng 1750 a 1755.
