Mae olion archeolegol Ixtépete, canolfan seremonïol ger dinas Guadalajara ym mwrdeistref Zapopan a chanfyddiadau diweddar mwy nag ugain beddrod siafft yn Nyffryn Atemajac, yn caniatáu inni gasglu bod galwedigaethau pwysig yn ystod y cyfnod clasurol (200 BC-650 OC)
Ychydig cyn y goncwest, roedd grwpiau o Cocas a Tecuexes yn byw yn y Cwm gan amlaf, wedi ymgynnull mewn pentrefi bach yn dibynnu ar arglwyddiaeth Tonallan, a gyflwynwyd heb lawer o wrthwynebiad gan Nuño Beltrán de Guzmán ym 1530.
Ddiwedd y flwyddyn ganlynol, cynhaliodd Guzmán y goncwest tuag at y gogledd, gan ymddiried yn Juan de Oñate i groesi ceunant afon Santiago a chyn belled ag y bo modd ond gyda doethineb, daeth o hyd i boblogaeth Sbaenaidd heb ddatgelu ei hun. Felly ar Ionawr 5, 1532, ger Nochistlán, yn Zacatecas heddiw, sefydlwyd Guadalajara.
Achosodd amodau a oedd yn niweidiol i'r ymsefydlwyr drosglwyddiad y ddinas hon i Tonalá, ond bu'r arhosiad yno'n fyrhoedlog ac yn fuan ar ôl i'r Sbaenaidd ymgartrefu ger Tlacotan, lle buont tan 1541. Gwrthryfel y caxcanau a adwaenir yn well fel rhyfel Mixtón, a oedd yn rhoddodd oruchafiaeth Sbaen mewn perygl difrifol, fe gyrhaeddodd tan amgylchoedd Guadalajara. Gyda'r gwrthryfel wedi'i roi i lawr "gan dân a gwaed" gan y fyddin bwerus dan arweiniad Viceroy Antonio de Mendoza, fe gyrhaeddodd y ddinas heddwch ond gadawyd hi heb lafur brodorol, felly, wrth chwilio amdani, fe wnaethant benderfynu symud y boblogaeth, gan ddod o hyd i'r digonol Valle de Atemajac, lle gwnaed y sylfaen olaf a diffiniol ar Chwefror 14, 1542. Yn ddiweddarach, cadarnhawyd y newyddion bod y brenin, bron i dair blynedd o'r blaen, wedi rhoi rheng a breintiau'r ddinas iddi.
Yn 1546 creodd y Pab Paul III Esgob Nueva Galicia ac ym 1548 sefydlwyd yr Audiencia o'r un enw; Roedd pencadlys y ddwy awdurdodaeth, yn Compostela, Tepic i ddechrau, nes ym 1560 y gorchmynnwyd ei newid i Guadalajara, gan ei gwneud yn bennaeth barnwrol y diriogaeth helaeth a elwid wedyn yn Audiencia Guadalajara, prifddinas Teyrnas Nueva Galicia a'r sedd yr Esgob. Wrth i bob dinas yn Sbaen gael ei llunio fel bwrdd gwyddbwyll o'r hyn oedd sgwâr San Fernando a hefyd yn ôl yr arfer, gadawyd cymdogaethau brodorol Mexicaltzingo, Analco a Mezquitán allan o'r cynllun. Dechreuwyd y broses efengylu gan y Ffrancwyr, ac yna'r Awstiniaid a'r Jeswitiaid.
Yn raddol, gydag anawsterau ac anawsterau ond hefyd gyda llwyddiannau, tyfodd Guadalajara a sefydlu ei hun fel canolfan economaidd a phwer, cymaint felly nes bod nifer sylweddol o bobl gyfoethog o Guadalajara eisiau i Nueva Galicia gyda Nueva Vizcaya integreiddio ficeroyalty cwbl dramor. i Sbaen Newydd, amcan na chyflawnwyd oherwydd bod diwygiadau gwleidyddol-weinyddol 1786 ar y gorwel, a addasodd y strwythur tiriogaethol, gan rannu'r ficeroyalty cyfan yn 12 bwrdeistref, ac un ohonynt oedd Guadalajara.
Yn ystod y Wladfa, yn enwedig yn y 18fed ganrif, gadawodd y ffyniant economaidd etifeddiaeth bensaernïol, ddiwylliannol ac artistig, y mae ei thystiolaethau yn parhau i fod ledled y ddinas.
Treiddiodd yr alawon pro-annibyniaeth a oedd yn rhedeg ledled tiriogaeth Sbaen Newydd Jalisco, felly pan ddechreuodd Rhyfel Annibyniaeth mewn gwahanol rannau o'r Fwrdeistref bu gwrthryfel.
Ar Dachwedd 26, 1810, aeth Don Miguel Hidalgo, yn rheoli byddin fawr, i mewn i Guadalajara a derbyniwyd ef gan José Antonio Torres, a oedd wedi cymryd y ddinas ychydig cyn hynny. Yma cyhoeddodd Hidalgo archddyfarniad yn dileu caethwasiaeth, papur wedi'i stampio ac alcabalas a noddodd argraffu'r papur newydd gwrthryfelgar El Despertador Americano.
Ar Ionawr 17, 1811, gorchfygwyd y gwrthryfelwyr ar bont Calderón ac fe adferodd milwyr brenhinol Calleja Guadalajara, gan dybio’r gorchymyn José de la Cruz, a wnaeth, gyda’r Esgob Cabañas, ddinistrio unrhyw achos o wrthryfel.
Cyhoeddwyd annibyniaeth ym 1821, codwyd talaith rydd ac sofran Jalisco, gan adael Guadalajara fel prifddinas y wladwriaeth a sedd pwerau.
Roedd yr ansefydlogrwydd a oedd yn bodoli trwy gydol y bedwaredd ganrif ar bymtheg bron yn y wlad, wedi'i waethygu gan oresgyniadau tramor, yn ei gwneud hi'n anodd, ond ni wnaeth atal y wladwriaeth ac yn enwedig yn ei chyfalaf rhag parhau i ddatblygu mewn amrywiol orchmynion. Enghreifftiau diriaethol yw: yn ail chwarter y ganrif, creu'r Sefydliad Gwyddorau Gwladol; adeiladu'r Ysgol Celf a Chrefft, yr Ardd Fotaneg, y Penitentiary a Phantheon Bethlehem, yn ogystal ag agoriad y ffatrïoedd cyntaf.
Ar ddechrau'r wythdegau, ymddangosodd tramiau trefol o dynnu anifeiliaid, gosodwyd y golau trydan ym 1884, ym 1888 cyrhaeddodd y rheilffordd gyntaf ym Mecsico a'r un ym Manzanillo ym 1909. Yn y nawdegau, sefydlodd Don Mariano Bárcena yr Arsyllfa Seryddol a yr Amgueddfa Ddiwydiannol.
Yn ystod y chwyldro, yn Guadalajara bu rhai gweithredoedd o wrthryfel yn erbyn unbennaeth Díaz, megis streiciau gweithwyr a phrotestiadau myfyrwyr, a derbyniwyd Madero hyd yn oed ym 1909 a 1910 gyda mynegiadau mawr o gydymdeimlad. Fodd bynnag, ni chafwyd unrhyw ddigwyddiadau amlwg yn dilyn hynny. Ar y llaw arall, dioddefodd prifddinas Guadalajara fath o farweidd-dra a ddaeth i ben ym 1930 unwaith y cytunwyd ar yr heddwch a dorwyd gan ryfel Cristeros, gan ddechrau awydd i foderneiddio nad yw wedi dod i ben.
Gweler hefyd Colonial Cities: Guadalajara, Jalisco
