Calleja oedd trefnydd a phennaeth y fyddin ganolog (1810-12) yn ystod Rhyfel Annibyniaeth a thrigain ficeroy Sbaen Newydd, a ddyfarnodd rhwng 1813 a 1816, gan ei fod yn un o'r dihirod mawr yn hanes Mecsico.
Fe'i ganed yn Medina del Campo, Valladolid, a bu farw yn Valencia. Gwnaeth ei ymgyrch gyntaf fel ail raglaw yn alldaith anffodus Algiers a oedd, yn nheyrnasiad Siarl III, yn cael ei arwain gan Count O'Reilly. Roedd yn athro ac yn gapten ar gwmni o 100 o gadetiaid, ac yn eu plith roedd Joaquín Blacke, yn regent ar ôl Sbaen, a Francisco Javier de Elío, ficeroy Buenos Aires yn y dyfodol, yn Ysgol Filwrol Puerto de Santa María.
Cyrhaeddodd Sbaen Newydd gydag ail gyfrif Revillagigedo (1789), fel capten ynghlwm wrth gatrawd troedfilwyr sefydlog Puebla, a chyflawnodd sawl comisiwn yn llwyddiannus nes iddo gael ei benodi'n bennaeth brigâd San Luis Potosí. Roedd ganddo yno o dan ei orchymyn y canton o filwyr a orchmynnwyd i'w casglu gan Viceroy Marquina, a fynychwyd gyda'i gwmni gan y Capten Ignacio Allende. Yno hefyd priododd Doña Francisca de la Gándara, merch ymlyniad brenhinol y ddinas honno, a oedd yn berchennog yr Hacienda de Bledos mawr; a chafodd ddylanwad mawr ar bobl y wlad, a oedd yn ei adnabod fel "y meistr Don Félix."
Pan ddigwyddodd gwrthryfel Hidalgo, heb aros am orchmynion gan y ficeroy, rhoddodd filwyr ei frigâd ar y breichiau, eu cynyddu gyda rhai newydd a'u trefnu a'u disgyblu, ffurfiodd fyddin fach (4,000 o ddynion) ond pwerus y ganolfan, a lwyddodd i drechu Hidalgo ac wynebu'r tramgwyddus aruthrol a ddechreuwyd gan Morelos.
Ymddeolodd Calleja i Fecsico ar ôl gwarchae Cuautla (Mai, 1812), a gafodd yn ei breswylfa (Casa de Moncada, a elwid yn ddiweddarach yn Palacio Iturbide) ei lys bach lle cytunodd yr anfodlonrwydd â Llywodraeth Venegas, y cyhuddasant ei fod yn brin o arian a yn ddi-rym i gynnwys a dod â'r chwyldro i ben. Tua 4 blynedd yn ddiweddarach dyfarnodd y wlad fel ficeroy. Cwblhaodd y fyddin trwy wneud iddi gyrraedd 40,000 o ddynion milwyr llinell a milisia taleithiol, a chynifer o frenhinwyr a drefnodd yn yr holl drefi ac ystadau, y ddau ohonynt yn bennaf yn gadael y taleithiau a oedd mewn chwyldro; ad-drefnodd y Trysorlys Cyhoeddus, y cynyddodd ei gynhyrchion gyda threthi newydd; ail-sefydlodd y traffig masnach gyda'r confois aml a gylchredai eto o un pen i'r deyrnas i'r llall a'r gwasanaeth post rheolaidd; a thyfodd y perfformiad a'r cynhyrchion tollau.
Mae hyn yn tybio’r ymgyrchoedd parhaus a dwys a hyrwyddodd yn erbyn y gwrthryfelwyr, lle ildiodd Morelos. Yn ddyn penderfynol a diegwyddor, ni stopiodd ei hun yn y cyfryngau a chau ei lygaid at y camdriniaeth a gyflawnodd ei gomandwyr, pe byddent yn gwasanaethu'r achos go iawn gyda sêl. Felly gwnaeth ei hun yn atgas i'w gyfoeswyr.
Dychwelodd i Sbaen, derbyniodd y teitl Count of Calderón (1818) a chroesau mawr Isabel la Católica a San Hermenegildo. Ar ôl bod yn Gapten Cyffredinol Andalusia a Llywodraethwr Cádiz, roedd ganddo reolaeth ar fyddin alldeithiol De America, a gododd cyn gadael a'i ostwng i'r carchar (1820). Wedi'i ryddhau, gwrthododd Lywodraeth Valencia a chafodd ei garcharu eto, ym Mallorca, tan 1823. "Wedi'i buro" ym 1825, arhosodd yn y barics yn Valencia hyd ei farwolaeth.
