Gyda dim ond tri neu bedwar mis o law y flwyddyn, llwyddodd Colima i fodloni'r amodau angenrheidiol ar gyfer bywyd dynol diolch i'r nentydd niferus sy'n dod o rannau uchaf y Volcán de Fuego. Mae tystiolaeth yn dangos bod dyn wedi ymgartrefu yn y cwm hwn tua 1,500 CC.
Roedd y diwylliant o'r enw Complejo Capacha yn gymdeithasau amaethyddol ac eisteddog a arweiniodd at y traddodiad enwog o feddrodau siafft: siambrau marwdy lle cafodd offrymau cyfoethog eu dyddodi ac y gellir eu cyrchu trwy siafft fertigol a chrwn o 1.20 i 1.40 m mewn diamedr. Yng nghanolfan hamdden Tampumachay, yn nhref Los Ortices, mae tri beddrod gyda'r siafft a'r claddgelloedd gwreiddiol, ac y tu mewn i gyfres o lestri cerrig ac offer a gynigir i'r meirw.
Pan oedd gan grefydd fwy o bwys mewn trefniadaeth gymdeithasol, o 600 OC, dechreuwyd adeiladu lleoedd seremonïol o sgwariau, cyrtiau wedi'u hamffinio a llwyfannau hirsgwar o ddimensiynau sylweddol. Ni ddatblygodd yr aneddiadau mwy pensaernïol gymhleth tan ar ôl 900 OC.
Y lle sy'n cynrychioli'r cam hwn orau yw La Campana. Mae'n anheddiad mawr - roedd ei ardal seremonïol yn fwy na 50 hectar - gydag olyniaeth o lwyfannau hirsgwar. Ar ben y llwyfannau hyn mae'n debyg bod ardaloedd yn gysylltiedig â storio grawn. Mae yna hefyd systemau preswyl cymhleth a ddylai, yn ddi-os, fod wedi eu meddiannu gan arweinwyr sifil a chrefyddol.
Mae dwy agwedd yn amlwg ar y wefan hon: lleoliad beddrodau siafft wedi'u hintegreiddio i ofodau seremonïol a bodolaeth rhwydwaith cymhleth o ddargludiadau draenio a dŵr.
Safle archeolegol pwysig arall yn Colima yw El Chanal, a leolir tua 6 km i'r gogledd o'r ddinas, y mae'n rhaid ei fod wedi cael estyniad uchaf o 200 hectar. Wrth iddo ymestyn i ddwy lan Afon Colima, fe'i gelwir yn El Chanal Este ac El Chanal Oeste. Mae'r olaf, er na ymchwiliwyd iddo'n llawn, yn dangos cymhlethdod amlwg, gan fod ganddo gyrtiau, sgwariau, strwythurau, camlesi a strydoedd. Cafodd El Chanal Este, ar y llaw arall, ei ddinistrio i raddau helaeth oherwydd bod y dref fodern sy'n dwyn ei henw wedi'i sefydlu ar ei hadfeilion.
Mae'r ymchwiliadau'n dangos bod elfennau dangosol o'r deml ddwbl yn y lle, cysyniad yr allor fainc a llwyfannau allorau dimensiynau bach, yn ogystal â nifer fawr o gerfluniau swmp, engrafiadau a rhyddhadau cerrig; ffigurau'n ymwneud â'r Xantiles; crochenwaith polychrome yn ffurfio amlinelliadau o eryrod a seirff pluog; ac yn olaf, metel. Ond y peth mwyaf eithriadol am y diwylliant hwn yw presenoldeb y ffenomen drefol a bodolaeth y calendr.
