Fe'i ganed yn Ozumba, Talaith Mecsico, ym 1737, cofleidiodd yrfa grefyddol ac ordeiniwyd ef yn offeiriad yn ugain oed.
Er gwaethaf ei hyfforddiant athronyddol, o oedran ifanc iawn mae wedi bod yn ymwneud â gwybodaeth a chymhwysiad gwyddorau naturiol, ffiseg, mathemateg a seryddiaeth. Mae'n cyhoeddi gweithiau gwerthfawr ar bynciau gwyddonol ym mhapurau newydd a chylchgronau ei gyfnod. Enillodd enw da yn rhyngwladol a dynodwyd ef yn bartner cyfatebol i Academi Gwyddorau Paris. Mae'n treulio llawer o'i amser yn cynnal arbrofion gwyddoniaeth ac yn ymgynnull llyfrgell helaeth. Mae'n gasglwr darnau archeolegol a sbesimenau prin o blanhigion ac anifeiliaid. Archwiliwch Xochicalco. I dalu gwrogaeth iddo, ym 1884 sefydlwyd Cymdeithas Wyddonol Antonio Alzate, a ddaeth yn 1935 yn Academi Genedlaethol y Gwyddorau. Ei waith golygyddol mwyaf adnabyddus yw'r nodiadau i Hanes Hynafol Mecsico gan yr Jesuit Francisco Javier Clavijero. Dywedir ei fod yn berthynas bell i Sor Juana Inés de la Cruz. Bu farw yn Ninas Mecsico ym 1799.
