Arweiniodd cyrchiadau cyson y gorchfygwr Sbaenaidd Don Nuño Beltrán de Guzmán tuag at diroedd gorllewinol y wlad, er mwyn cynyddu ei oruchafiaeth a'i rym dros y tiriogaethau hynny, at sefydlu talaith newydd o'r enw Teyrnas Galicia Newydd.
Roedd nifer o grwpiau brodorol yn byw yn y rhanbarth, a oedd yn ysbeilio’r aneddiadau yr oedd y Sbaenwyr wedi’u sefydlu ynddo’n barhaus. Derbyniodd is-gapten Nuño de Guzmán, y Capten Juan B. de Oñate orchmynion i heddychu'r taleithiau hynny ac i ddod o hyd i'r Villa de Guadalajara yn y lle o'r enw Nochistlán, ffaith iddo gymysgu ar Ionawr 5, 1532. Yn wyneb yr ymosodiadau cynhenid mynych ar y ddinas. bu'n rhaid iddo symud flwyddyn yn ddiweddarach i Tonalá ac yn ddiweddarach i Tlacotlán. Gwnaed trydydd trosglwyddiad i setlo'r dref yn Nyffryn Atemajac, lle sefydlwyd y ddinas yn bendant ar Chwefror 14, 1542 gyda phresenoldeb Cristóbal de Oñate fel llywodraethwr New Galicia a Don Antonio de Mendoza, yna ficeroy Sbaen Newydd, a benododd faer Miguel de Ibarra a llywodraethwr raglaw.
Datblygodd y ddinas yn gyflym a dechrau cystadlu â sedd Compostela (Tepic heddiw), a oedd ar y pryd yn sedd i bwerau crefyddol a sifil, fel bod trigolion Guadalajara yn rhoi cymaint o bwysau ar yr awdurdodau Audiencia, nes bod y brenin Penderfynodd Felipe II gyhoeddi Tystysgrif dyddiedig Mai 10, 1560 i symud o Compostela i Guadalajara, yr Eglwys Gadeiriol, y Llys Brenhinol a swyddogion y Trysorlys.
Cynlluniwyd y strwythur trefol yn unol â dinasoedd y trefedigaethau eraill, felly datblygwyd ei gynllun ar ffurf bwrdd gwyddbwyll o'r hyn a oedd yn sgwâr San Fernando. Yn ddiweddarach sefydlwyd cymdogaethau Mexicaltzingo ac Analco gan Fray Antonio de Segovia, a chymdogaeth Mezquitán, un o'r hynaf. Codwyd tai neuadd y dref hefyd, gyferbyn â theml bresennol San Agustín ac eglwys y plwyf cyntaf lle mae'r Palas Cyfiawnder.
Heddiw, mae'r ddinas odidog, sy'n doreithiog mewn adeiladau trefedigaethol, yn arddangos nifer dda o enghreifftiau pensaernïol perthnasol, fel ei Chadeirlan, safle y mae'n rhaid ei weld, a adeiladwyd rhwng 1561 a 1618 gan y pensaer Martín Casillas. Mae ei arddull wedi'i ddosbarthu fel baróc cychwynnol. Mae ei strwythur solet yn codi o flaen Plaza de Guadalajara heddiw, gyda'i dyrau chwilfrydig sydd, er nad ydyn nhw'n perthyn i arddull wreiddiol yr adeilad, yn cael eu cydnabod ar hyn o bryd fel symbol o brifddinas Guadalajara. Dinistriwyd y tyrau cyntefig yn y 19eg ganrif gan ddaeargryn, a dyna pam ychwanegwyd y rhai sydd ganddo heddiw. Mae tu mewn y deml yn lled-Gothig o ran arddull, gan gynnwys ei gladdgelloedd sydd wedi'u gwneud o les.
Canolfannau crefyddol eraill o'r 16eg ganrif yw lleiandy San Francisco, a sefydlwyd ym 1542 ger yr afon, yng nghymdogaeth Analco, ac a ddinistriwyd bron yn llwyr yn y Diwygiad Protestannaidd. Mae ei deml, a adnewyddwyd ar ddiwedd yr 17eg ganrif, gyda'i ffasâd Baróc o linellau Solomonig cymedrol, wedi'i chadw. Sefydlwyd lleiandy San Agustín, ym 1573 gan Ordinhad Brenhinol Felipe II ac ar hyn o bryd mae'n cadw ei deml gyda'i ffasâd o linellau Herrerian difrifol a'i thu mewn gyda daeargelloedd rhesog.
Lleianod Dominicaidd o Puebla oedd yn meddiannu Santa María de Gracia, un arall o'r sylfeini confensiynol, a adeiladwyd ym 1590 o flaen y Plaza de San Agustín ac y talwyd amdano gan Hernán Gómez de la Peña. Daeth y gwaith adeiladu i feddiannu chwe bloc, er mai dim ond ei deml sy'n parhau heddiw, gyda ffasâd neoglasurol o ail hanner y 18fed ganrif.
